La chiesa di S. Nicola da Tolentino fu eretta alla fine del cinquecento su un terreno donato nel 1596 dalla famiglia Moneglia, proprietaria di una villa sul colle Carbonara:l'attuale Villa Piaggio.
La posa e la benedizione della prima pietra avvennero il 28 marzo 1597. Curiosamente è stato tramandato il nome dello scalpellino che la preparò: Bartolomeo Reforzio.
Il progetto della costruzione viene comunemente attribuita all’architetto Andrea Ceresola, detto il Vannone, mentre si sa per certo che esecutori della costruzione furono Cipriano e Battista Bianco, padre e figlio.
La costruzione del dormitorio dei frati fu opera del famoso architetto Bartolomeo Bianco, altro figlio di Cipriano.
La chiesa fu terminata nel 1601 e, secondo le cronache, vi si celebrarono messe e vespri a “comodità dei fedeli”.
Fin dall’inizio la vita dei frati non fu agevole, infatti già nel 1602 era cominciata una lunga disputa con la famiglia Moneglia e con i loro successori i Salvago, avente per oggetto i doveri dei frati verso queste famiglie e i poteri di queste famiglie sui frati, con i frati tesi a salvaguardare la loro indipendenza.
La vicenda, tipica di quei tempi, si interruppe momentaneamente nel 1637, quando Genova conobbe il flagello della grande peste.
I padri e i fratelli di S. Nicola furono in prima linea nei lazzaretti per assistere i colpiti dal morbo. Per dare un’idea dell’imponente mobilitazione caritativa dei frati basti dire che il convento era giunto a contenere cento religiosi e che molti di essi persero la vita.
Finita la peste il convento si svuotò e ripresero i contrasti con le famiglie nobili fino a trovare conclusione nel 1730 per intervento del Sommo pontefice.
Dopo un periodo di calma sugli Agostiniani di San Nicola si abbatte un’altra bufera
Il 13 ottobre 1810 in forza dei decreti napoleonici i religiosi dovettero abbandonare il convento di S. Nicola. La chiesa però non venne totalmente chiusa e questo per merito di un santo fratello laico: Fra Giovanni di S. Maria, che con grandi sacrifici aveva trasportato dal convento della Visitazione (soppresso nel 1797) la statua della Madonna del Parto. Egli trovò modo, sotto il nome di un’altra persona, di affittare la chiesa per 500 lire annue, permettendo così alla gente di entrare per venerare la Madonna come in un oratorio privato.
Nel 1815 Fra Giovanni riuscì a riaprire la chiesa al culto e nel 1818 ottenne che i religiosi ritornassero al convento.
In quello stesso anno l’altare maggiore, in marmi policromi, fu sostituito da quello attuale in marmo nero, preso dalla chiesa della Visitazione, dove prima si trovava appunto la statua della Madonna del Parto.
Nel 1859 si abbatté sui frati un’altra terribile tempesta, infatti il 28 giugno di quell’anno i religiosi furono espulsi e rimandati ai loro paesi.Ritornarono solamente il 4 maggio 1887, trovando la chiesa in cattive condizioni.
Nel 1908 furono eseguiti restauri alla chiesa e alla facciata.
Allo scoppio della prima guerra mondiale il convento si svuotò daccapo, perché i religiosi furono reclutati per servire la Patria. Per grazia di Dio tutti ritornarono e ripresero il loro servizio
1921-Per opera del prof. Giulio Marchi, influente uomo politico del Partito Popolare,nasce l'idea della fondazione del Collegio-Pensionato che per molti decenni formerà in uno spirito di grande famiglia migliaia di giovani
Il giorno 11 ottobre 1939 la chiesa venne eretta a Parrocchia dal cardinale Boetto e affidata al giovane Padre Lorenzo Maria Viani. A meno di un anno da quella memorabile data scoppiò la guerra più terribile conosciuta dal genere umano-
Nel terrificante bombardamento del 7 novembre del 1947 la chiesa rimase in parte distrutta ed il convento seriamente danneggiato.
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La Chiesa fu ricostruita fra il 1945 e il 1950. Tra il 1964 e il 1970 vi fu la ristrutturazione e l'ampliamento della chiesa, mentre fra il 1976-77 fu realizzata la nuova facciata, opera col sagrato del Prof. Ing. Cesare Fera.